L'institut est chargé d'effectuer tous les travaux de recherche et d'expérimentation dans le domaine des sciences agronomiques.
A cet effet, il est chargé, notamment, d'effectuer les missions ci-après

• Organiser, exécuter et publier tous les travaux de recherche et d'expérimentation portant sur l'amélioration des techniques de la production végétale et animale.
• Réunir et étudier toutes les ressources génétiques dont l'utilisation et la culture présente un intérêt pour le pays.
• Créer des variétés végétales et améliorer les races animales adaptées aux conditions tunisiennes.
• Améliorer les systèmes de production par la mise au point des techniques et des méthodes appropriées.
• Etudier la conservation, la transformation et l'utilisation des produits agricoles.
• Effectuer toute recherche à caractère physique, économique et sociologique intéressant le milieu rural et son environnement.
• Contribuer au transfert de technologie et apporter son concours aux activités de vulgarisation et de démonstration en mettant à la disposition des services administratifs, des organismes professionnels et des instituts spécialisés, les connaissances et les techniques susceptibles d'être vulgarisées.
• Participer à la formation et à l'encadrement des étudiants et dispenser, le cas échéant, un enseignement approprié, notamment au niveau des études post-universitaires ainsi qu'au niveau du perfectionnement des techniciens agricoles.

Dans le cadre de l'exécution de ces missions l'institut est appelé à :

• Réaliser les programmes de recherche scientifique et de recherche développement dont il est chargé dans le cadre des contrats objectifs passés avec l'Etat.
• Participer au développement de la recherche scientifique et technique et à son insertion dans le domaine économique et social.
• Entreprendre, à la demande des ministères, des institutions nationales, des entreprises publiques et privées et dans le cadre des conventions établies à cette fin, soit à l'échelle nationale soit dans le cadre de la coopération internationale, toute recherche ou expérimentation ou expertise destinée à l'identification, l'analyse, la sélection, l'adaptation et la maîtrise des technologies dans les différents domaines de l'agriculture.
• Entreprendre des recherches documentaires dans le cadre de ses missions en vue de connaître, de suivre et d'analyser l'évolution des technologies dans les domaines intéressant l'économie nationale et de les évaluer compte tenu des objectifs nationaux de développement et organiser toutes les manifestations scientifiques en collaboration avec les entreprises économiques et les établissements d'enseignement supérieur et de recherche pour permettre l'assimilation et la maîtrise des technologies retenues.
• Valoriser les résultats de la recherche et favoriser leur exploitation par les organismes économiques.
• Favoriser le partenariat dans le domaine de la recherche scientifique et du développement technologique avec les établissements et les entreprises, publics ou privés ou dans le cadre de la coopération internationale, en collaboration avec les établissements d'enseignement supérieur et de recherche.
• Exercer une activité d'expertise et de veille à la promotion scientifique et technologique au service de l'économie dans les domaines de l'agriculture.